sagar.toolkit package

Subpackages

• sagar.toolkit.tests package
  • Submodules
  • sagar.toolkit.tests.test_mathtool module
  • Module contents

Submodules

sagar.toolkit.derivetool module

sagar.toolkit.derivetool.remove_redundant(mol_positions, sites, perms, e_num=None, method='jshash')

sagar.toolkit.derivetool.remove_redundant_by_hash(mol_positions, sites, perms, e_num)

输入一个分子坐标`mol_positions` 和每个坐标位点上的可能取代情况`sites` 母体结构所有的置换操作`perms`

options:

位点上元素的比例`e_num`

sagar.toolkit.mathtool module

sagar.toolkit.mathtool.binomialCoeff(n, k)

sagar.toolkit.mathtool.closest_pair(points)

points is a list or numpy.array of 1x3 cartesian positions algorithm: http://en.wikipedia.org/wiki/Closest_pair_of_points (brute force) O(n^2)

sagar.toolkit.mathtool.distance(p1, p2)

sagar.toolkit.mathtool.extended_gcd(aa, bb)

Algorithm: https://en.wikipedia.org/wiki/Extended_Euclidean_algorithm#Iterative_method_2

parameters: aa, bb: int

return: r, s, t

r = s * aa + t * bb

sagar.toolkit.mathtool.is_int_np_array(npa, atol=1e-05)

sagar.toolkit.mathtool.refine_positions(npa, atol=1e-05)

给定一个精度，让靠近1的元素变成零。则使得坐标在0～1之间可以直接比较。

Module contents